福建省中医药科学院图书馆前身为在1958年建立的《福建中医药》杂志编辑室基础上成立的图书文献研究室。图书馆先后在俞长荣、万本善、朱濂溪等的带领下，主要开展中医古籍整理、中医文献（理论）整理、福建历代医家学术经验特点等方面的研究。先后编辑出版了《福建中医医案医话》、《福建中医临床经验汇编》、《福建民间草药》、《串雅外编选注》、《中医急证文献》、《福建省中医专家名录》等书籍，整理校注了《陈修园医书十六种》、《卫济宝书》、《集验背疽方》、《保赤指南车》、《本草纲目拾遗》等古医籍；整理研究福建省历代名医如陈修园、朱端章、雷丰、陈恭溥、吴瑞甫、邓旒等医家的学术特点及学术流派。

近年来，本馆重点承担了《福建省中医药古籍保护》、《福建省中医药古籍修复能力建设》及《福建省中医药古籍数字图书馆建设》等项目，规划建设了独立专用的古籍书库2间，配备了防虫樟木书柜、书桌及遮光、防火、防盗和空调等相关设备；建设古籍修复室1间，配备有古籍修复多功能工作台、纸浆补书机及晾纸架、古籍修复压平机、电动切纸机等基本设备，压书机、毛笔、棕刷、启子、针锥、马蹄刀、排笔、剪刀、喷壶、镊子、尺子、竹刮、线、糨糊碗、敲锤、压书石、裁纸板、砑石等古籍修复工具，修复专用纸张（含修补用纸、撤潮纸）等修复工具材料，基本满足古籍修复需求。先后完成馆藏3155册古籍的版本信息、定级定损等普查考证工作，包括古籍普查登记编号、索书号、题名卷数、撰著者、版本、册数和存缺卷数等相关信息，并将普查编目数据上传全国古籍普查平台。完成200本古籍修复工作（包括换皮、缝线、虫蛀破洞修补等），完成2000册古籍数字化扫描工作，建设“福建省中医药古籍数字图书馆”网站服务平台。

本馆不断加强人才培养，组织技术人员前往福建省古籍保护中心、福建省师范大学古籍修复传习及福建中医药大学图书馆学习取经，组织人员参加国家古籍保护中心组织的《图书馆古籍整理与利用研修班》、《全国古籍鉴定与保护研修班》及福建省古籍修复线上线下培训并取得结业证书8人次。在传承中医文化、学术交流、服务科研方面发挥了积极的作用，也为福建省中医医史文献研究及中医药古籍保护做出了积极的贡献。